Air Nostrum (operando como Iberia Regional) es la única aerolínea comercial regular activa en el aeropuerto. Ofrece vuelos directos anuales a Málaga, Madrid, Granada-Jaén, Almería, Sevilla, Barcelona y Gran Canaria, además de rutas estacionales a Palma de Mallorca, Tenerife Norte, Asturias y Santiago de Compostela.
No, el aeropuerto opera únicamente en horario diurno y cierra tras el último vuelo programado (en torno a las 18:00 en invierno y las 19:00 en verano). No es posible pasar la noche dentro de la terminal, por lo que es necesario reservar alojamiento en la ciudad.
El centro se encuentra a solo 3 km. La opción más rápida y habitual es el taxi desde la parada exterior frente a llegadas (5 a 10 minutos de viaje). También se cuenta con servicio de autobús urbano de la compañía COA Melilla.
Sí, Aena ofrece acceso a internet gratuito a través de la red "Airport Free Wifi Aena" con cobertura completa en toda la terminal de pasajeros.
No, debido a sus dimensiones reducidas y a la naturaleza de su tráfico doméstico de corta distancia, el Aeropuerto de Melilla no cuenta con salas VIP ni salones asociados a redes como Priority Pass.
El aeropuerto dispone del Parking General P1 situado justo enfrente de la terminal, a 1 minuto a pie. Ofrece plazas cubiertas, descubiertas y reservadas para PMR, con opción de reserva previa con descuento a través del portal de Aena.