En el Aeropuerto de Los Cabos, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones. Si conectás de un vuelo internacional a uno de cabotaje, entrás al país acá: pasás migraciones y retirás y volvés a despachar el equipaje.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Terminal 1 (domestic flights), Terminal 2 (direct international flights)). No están conectados después del control de seguridad: para cambiar hay que volver a pasarlo.
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.