Las siguientes compañías aéreas operan vuelos comerciales regulares en el Aeropuerto Francisco de Orellana:
- Aeroregional: Quito.
- LATAM Airlines Ecuador: Quito.
Asimismo, operan en la terminal diversas empresas de taxi aéreo, vuelos chárter al servicio de la industria petrolera y aeronaves de las Fuerzas Armadas del Ecuador.