En el Aeropuerto de Nueva York JFK, como en todos los aeropuertos de Estados Unidos, los pasajeros que llegan en un vuelo internacional tienen que pasar migraciones (CBP) y aduana, retirar el equipaje despachado y volver a despacharlo, y pasar otra vez el control de seguridad de la TSA antes del vuelo de conexión, aunque los dos vuelos estén en el mismo pasaje.
El aeropuerto tiene 5 terminales o sectores (Terminal 1, Terminal 4, Terminal 5, Terminal 7, Terminal 8). No están conectados después del control de seguridad: para cambiar hay que volver a pasarlo.
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.