En el Aeropuerto de Bakú, los pasajeros que conectan entre dos vuelos internacionales en general pueden quedarse en la zona de tránsito sin pasar migraciones.
El aeropuerto tiene 2 terminales o sectores (Terminal 1 (most international airlines), Terminal 2 (Azerbaijan Airlines domestic and some regional flights, Wizz Air)).
Los pasajeros en conexión pasan un control de seguridad de tránsito.